Niels Stensen nació en Copenhague, capital de Dinamarca, el 10 de enero de 1638. Era hijo de un pastor luterano, herrero de profesión, que trabajaba con frecuencia al servicio del rey Christian. De naturaleza enfermiza, pasó buena parte de su infancia en casa, sin poder salir a jugar, y escuchando las discusiones religiosas de sus mayores. En 1644 su padre murió, contando él 6 años, y su madre se casó con otro herrero. Su padrastro le proporcionó una educación clásica a cargo del poeta Ole Borch, gracias al cual aprendió a expresarse fluidamente en latín. En noviembre de 1656, con 18 años, Niels ingresó en el Estudio de Medicina de la Universidad de Copenhague, latinizando su nombre por el de Nicolaus Stenonis, como era costumbre en la época. En ese momento, los descubrimientos del flamenco Vesalio en el siglo anterior, habían convertido a la anatomía en la especialidad más destacada, y Nicolaus tuvo por preceptor nada menos que a Thomas Bartholin, descubridor de la circulación linfática. Bartholin había realizado estudios sobre las propiedades de unas piedras llamadas glossopetrae, y tenía una amplia colección de fósiles que de inmediato atrajeron la curiosidad del joven Stenonis.
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