Actualmente la gran mayoría de los científicos, académicos e intelectuales piensa que una de las características esenciales (para muchos, la más esencial) de la ciencia es el naturalismo metodológico. El naturalismo metodológico de la ciencia consiste en que el científico debe proceder como si el naturalismo metafísico fuera verdadero. A su vez, el naturalismo metafísico (o filosófico) consiste en sostener que en nuestro universo material (el mundo estudiado por la ciencia) no ocurre ni puede ocurrir nada sobrenatural; por lo tanto, todo lo que ocurre en él es en principio susceptible de ser estudiado y explicado por la ciencia. Generalmente el naturalismo metafísico está asociado al cientificismo, la doctrina que sostiene que sólo el conocimiento científico es verdadero conocimiento. De este modo el cientificismo rechaza tanto a la teología como a la filosofía.
El naturalismo metafísico existe en dos variantes, que llamaré “fuerte” y “débil”. El naturalismo metafísico fuerte consiste en afirmar que la naturaleza (es decir, el mundo) es todo lo que existe. Normalmente este naturalismo conduce al ateísmo, la doctrina que niega la existencia de Dios, porque el mundo (“lo único que existe”) no es Dios. Empero, existe también una “variante mística” de este naturalismo que conduce al panteísmo, la doctrina que identifica a Dios con el mundo o naturaleza. Dadas las afinidades y debilidades del ateísmo y el panteísmo, no es raro que algunas mentes oscilen entre ambas doctrinas. Cuando el ateo reconoce la necesidad de que exista un Ser Absoluto, a menudo pasa a ser panteísta; y cuando el panteísta reconoce que es absurdo que el Ser Absoluto sea contingente como el mundo, a menudo pasa a ser ateo. Además, generalmente el Dios del panteísmo no es un Ser personal, sino una fuerza impersonal, por lo que, según la terminología y la doctrina del monoteísmo, no es Dios, simplemente hablando. El panteísmo es la idolatría del mundo. En resumen, tanto el ateísmo como el panteísmo niegan la realidad de un Dios trascendente, por lo que suelen coincidir en la práctica.
Por su parte, el naturalismo metafísico débil no niega en principio la existencia de Dios, pero niega que Dios actúe en nuestro mundo. La definición de naturalismo metafísico que indiqué al comienzo corresponde en realidad a su variante débil, pero abarca lo que las dos variantes (fuerte y débil) tienen en común: quizás Dios exista (según la variante débil) pero, como no actúa en nuestro mundo, la ciencia puede prescindir de Él tanto como si no existiera (según la variante fuerte). Normalmente el naturalismo metafísico débil conduce al agnosticismo, la doctrina que niega que el ser humano pueda conocer si Dios existe o no. Empero, existe también una “variante mística” de este naturalismo que conduce al deísmo, la doctrina que afirma que Dios creó el mundo en el principio, pero no se interesa por el mundo ni interviene en él. También la frontera entre el agnosticismo y el deísmo es porosa: si el Dios del deísmo no actúa en nuestro mundo, entonces su existencia está más allá de la capacidad de conocimiento de la razón humana, como sostiene el agnosticismo. Y si el posible Dios del agnosticismo existiera (recordemos que el agnóstico contempla esa posibilidad), sería similar al Dios del deísmo, un Dios indetectable e incognoscible para la razón humana, e irrelevante para la vida humana. En resumen, tanto el agnosticismo como el deísmo niegan la realidad de un Dios providente y de la divina revelación, por lo que suelen coincidir en la práctica con el ateísmo.
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